Sur une planète lointaine habitent les Skeksès, des êtres barbares qui règnent par la terreur grâce au pouvoir de Dark Crystal. Loin de là, vit Jen, le Gelfling, chargé par une prophétie de redonner au cristal son éclat bénéfique qu'il doit quérir auprès d'Aughra, la Gardienne des Secrets. Aidé par de douces et sages créatures, les Mystiques, il se met en route et rencontre Kira, une jeune Gelfling qui s'associe à sa quête...