Au XII ème siècle en Andalousie, le philosophe Averroès, premier conseiller du calife, est reconnu pour sa sagesse, sa tolérance et son équité. Mais il doit faire face à des adversaires qui utilisent l'islam dans leur quête de pouvoir absolu. Ces derniers, à la tête d'une secte fondamentaliste, parviennent à enrôler l'un des deux fils du calife. Leur emprise s'affermissant, ils obtiennent la destitution d'Averroès et la condamnation par « fatwa » à l'autodafé de son oeuvre...